Современная структура Русской Православной Церкви (Московского Патриархата), порядок формирования её центральных и местных органов управления, их полномочия определены Уставом Русской Православной Церкви, принятым Архиерейским собором 16 августа 2000 года с поправками, принятыми 27 июня 2008 года на Архиерейском Соборе.
Устав Русской Православной Церкви — строго внутренний документ, не регистрировавшийся в Минюсте РФ, а посему ничтожный с точки зрения действующего законодательства. По мнению протоиерея Павла Адельгейма (РПЦ), Устав РПЦ 2000 года в ряде своих положений противоречит как действующему российскому законодательству, так и церковному праву.
Ныне действующий, зарегистрированный в минюсте при перерегистрации религиозных объединений в соответствии с новым Федеральным законом от 26 сентября 1997 г. № 125-ФЗ «О свободе совести и о религиозных объединениях» (см. пункт 4 статьи 27 Закона), Гражданский Устав РПЦ нигде не публиковался (Гражданский Устав РПЦ (1991), зарегистрированный в Министерстве юстиции РФ 30 мая 1991 года, был опубликован «Журнале Московской Патриархии»).
Устав определяет Русскую Православную Церковь как «многонациональную Поместную Автокефальную Церковь, находящуюся в вероучительном единстве и молитвенно-каноническом общении с другими Поместными Православными Церквами».
C 17 мая 2007, вследствие подписания Патриархом Московским Алексием II и Первоиерархом РПЦЗ митрополитом Лавром Акта о каноническом общении, «Русская Православная Церковь Заграницей пребывает неотъемлемой самоуправляемой частью Поместной Русской Православной Церкви».
Входящие в Русскую Православную Церковь Самоуправляемые Церкви, Экзархаты, епархии, Синодальные учреждения, благочиния, приходы, монастыри, братства, сестричества, Духовные учебные заведения, представительства и подворья канонически составляют Московский Патриархат.
канонической зависимости от РПЦ находятся автономные Японская Православная Церковь и Китайская Православная Церковь; последняя фактически прекратила своё существование в конце 1960-х годов.
Согласно Уставу Русской Православной Церкви, высшими органами церковной власти и управления являются Поместный собор, Архиерейский собор и Священный Синод во главе с Патриархом, обладающие законодательными, исполнительными и судебными полномочиями — каждый в своей компетенции.
Поместный Собор созывается в сроки, которые определяются Архиерейским собором или в исключительных случаях Патриархом и Священным Синодом, в составе архиереев, клириков, монашествующих и мирян. Собор решает все вопросы, касающиеся внутренней и внешней деятельности Церкви и избирает Патриарха. Созван в январе 2009.
Архиерейский Собор составляют все правящие епископы Церкви, а также викарные епископы, возглавляющие Синодальные учреждения и Духовные Академии; по Уставу, созывается не реже одного раза в четыре года; является церковным судом высшей инстанции: в частности, первой и последней инстанцией по догматическим и каноническим отступлениям в деятельности Патриарха Московского и всея Руси.
Вид на резиденцию Святейшего Патриарха и Священного Синода. Данилов монастырь, Москва.
Патриарх — Предстоятель Церкви имеет титул «Святейший Патриарх Московский и всея Руси». Ему принадлежит «первенство чести» среди епископата Русской Православной Церкви. Имя Патриарха возносится во время богослужения во всех храмах Русской Православной Церкви.
Являясь прямо и непосредственно правящим епископом города Москвы (Московская область находится в непосредственном управлении Патриаршего Наместника — митрополита Крутицкого и Коломенского), Патриарх обладает определёнными общецерковными административными полномочиями: «вместе со Священным Синодом созывает Архиерейские Соборы, в исключительных случаях — Поместные Соборы, и председательствует на них; заседания Священного Синода; несет ответственность за исполнение постановлений Соборов и Священного Синода; издает указы об избрании и назначении епархиальных архиереев, руководителей Синодальных учреждений, викарных архиереев, ректоров Духовных школ и иных должностных лиц, назначаемых Священным Синодом; награждает архиереев установленными титулами и высшими церковными отличиями; награждает клириков и мирян церковными наградами; утверждает присуждение учёных степеней и званий». Патриарх — Священноархимандрит (Настоятель) Свято-Троицкой Сергиевой Лавры, а также ряда других монастырей, имеющих статус Патриарших ставропигий.
В части внешних сношений Патриарх «сносится с Предстоятелями Православных Церквей во исполнение постановлений Соборов или Священного Синода, а равно и от своего имени; представляет Русскую Православную Церковь в отношениях с высшими органами государственной власти и управления».